Téměř všechny kolonoskopie lze provádět pomocí „nitrožilní sedace“, ve které je pacient velmi ospalý, ale při vědomí. Nejběžnější typ sedace má také mírný amnesiální účinek, takže většina pacientů si ani nepamatuje postup vyšetření. Lékař před výkonem probere s pacientem nejvhodnější formu sedace, která bude vyhovovat jeho potřebám.
Je velmi důležité, aby bylo před kolonoskopií důkladně čisté tlusté střevo. To umožní lékaři vidět jakékoli abnormality. Čištění tlustého střeva před kolonoskopií se nazývá střevní příprava. Zahrnuje to užívání léků, které způsobují průjem, vyprázdnění tlustého střeva. Lék se užívá ústy a je dodáván v tekuté nebo obvykle v práškové formě. Je nutné pacientovi přesně vysvětlit nejen postup přípravy, ale i dietní opatření, které je důležité dodržovat několik dní před výkonem.
Během procedury můžete cítit tlak, nadýmání nebo křeče. Váš lékař vám obvykle podá sedativum nebo lék proti bolesti, případně rajský plyn (Entonox), který vám pomůže relaxovat a lépe snášet jakékoli nepohodlí. Budete ležet na boku nebo na zádech, zatímco lékař bude pomalu posouvat koloskop tlustým střevem na jeho konec (cca 90cm). Po dosažení konce tlustého střeva, pomalu stahuje koloskop a pečlivě znovu přehlíží všechny části tlustého střeva. V některých ojedinělých případech lékař nemůže projít koloskopem, aby viděl celé tlusté střevo a možná budete potřebovat další vyšetření.
Pokud je v tlustém střevě nějaká abnormalita, provádí se odběr malého vzorku z tohoto místa = biopsie pro další analýzu. Biopsie se používají k identifikaci mnoha stavů, a lékař často provede biopsii, i když nemá podezření na rakovinu. Pokud se provádí kolonoskopie k identifikaci míst krvácení, může být během výkonu toto krvácení zastaveno injekcí léků nebo kauterizací (uzavření krvácejících cév tepelnými prostředky) nebo použitím malých sponek (klipy). Lékař může také během kolonoskopie najít polypy, které s největší pravděpodobností odstraní (polypektomie) během vyšetření. Tyto postupy obvykle nezpůsobují žádné bolesti.
Budete sledováni, dokud většina účinků sedativ nezmizí. Můžete mít pocity nadýmání nebo křečí kvůli vzduchu aplikovanému do tlustého střeva během vyšetření. Tyto příznaky by měly rychle zmizet po odchodu plynů konečníkem. Pokud vám byla v průběhu léčby podána sedativa, budete muset zůstat určitou dobu na gastroenterologickém pracovišti nebo vás někdo musí doprovodit domů. Dokonce i když cítíte bdělost po vyšetření, váš úsudek a reflexy by mohly být po zbytek dne narušeny, proto nesmíte tento den řídit. Po výkonu můžete normálně jíst. Pouze po zákrocích např. polypektomie ) je někdy nutné dodržovat po jistou dobu dietní opatření nebo fyzický klid.
Kolonoskopie je obvykle bezpečná, pokud ji provádějí erudovaní specialisté. Jednou z možných komplikací je perforace (protržení) střeva, které by mohlo vyžadovat urgentní operaci. Při odběru biopsie nebo při polypektomii by mohlo nastat krvácení, které se obvykle spontánně zastaví nebo je ošetřeno během výkonu (opich, klip, elektrokoagulace), zřídka vyžaduje následnou léčbu. Někteří pacienti mohou mít reakci na sedativa nebo komplikace způsobené srdečními nebo plicními chorobami. I když komplikace po kolonoskopii jsou neobvyklé, je důležité rozpoznat jejich včasné příznaky. Je nutné kontaktovat svého lékaře, pokud si všimnete silné bolesti břicha, horečky a zimnice nebo krvácení z konečníku.